Sztandar został wykonany przez siostry Klaryski od Wieczystej Adoracji w Bydgoszczy. Projekt zawdzięczamy Pani Małgorzacie Laskiej.
Awers
Tło ciemnozielone, na którym znajduje się oficjalna nazwa szkoły, wyhaftowana złotymi literami. Liceum Ogólnokształcące Towarzystwa Salezjańskiego im. Św. Jana Bosco w Bydgoszczy.
Centrum tej strony zajmuje krzyż równoramienny.
Na tle barw narodowych wyhaftowano godło Polski.
Rewers
Tło czerwone. W lewym dolnym rogu umieszczono herb miasta Bydgoszczy. Podobnie po przeciwnej stronie znajduje się herb Towarzystwa Salezjańskiego. Oba herby potraktowano graficznie i wyhaftowano srebrną nicią. Centrum wykonane z jasnego materiału zajmuje krzyż równoramienny, w nim wyhaftowano na sposób graficzny Patrona szkoły św. Jana Bosco. Napis okalający krzyż to Collegium Salesianum w Bydgoszczy.
Krzyże mówią o chrześcijańskim i katolickim charakterze szkoły.